Attestée dès 1805, la collection d’histoire naturelle est sans doute l’une des plus anciennes du musée. Elle fait alors partie d’un ‟cabinet de curiosités” municipal, et comprend des minéraux, une très belle collection d’oiseaux d’Amérique, des papillons, des insectes et des plantes. À cette époque, les collections d’histoire naturelle servaient à la recherche scientifique et à l’enseignement.
L’intérêt scientifique de cette collection pour l’histoire du vivant est aujourd’hui limité du fait que les dates et lieux de collecte des spécimens demeurent inconnus. Depuis le 19e siècle, cette collection n’a été que très exceptionnellement enrichie et donc sa muséographie n’a pas ou peu été modifiée. En tant que témoignage - aujourd’hui rare dans les musées - de la conception classificatoire du vivant au 19e siècle, il a été décidé de restituer cette salle à l’identique.